殺菌鍋放入包好的粽子后關閉鍋門，設定粽子所需要的殺菌溫度、殺菌時間。打開蒸汽角座閥，殺菌鍋會自動開啟進行鍋內升溫，在即將達到所需溫度時，通過溫度變送器準確的把鍋內溫度輸送到殺菌鍋的溫控儀，控制蒸汽角座閥進行溫度調節，此調節閥是根據鍋內溫度的升降進行逐步調節，以防止鍋內到達溫度時，溫度反沖。在達到設定溫度的同時，殺菌鍋自動關閉蒸汽角座閥門，進入粽子殺菌階段。殺菌時鍋內低于設定溫度，交座閥門自動打開。溫度升到設定溫度自動關閉，使鍋內始終保持設定溫度。直到殺菌時間結束，殺菌鍋的蒸汽對流設計，使鍋內蒸汽循環殺菌，溫度均勻殺菌無死角。報警器報警。此時粽子基本殺菌完成。

然后粽子進入冷卻階段，開啟殺菌鍋配套的水泵，把涼水輸送到殺菌鍋內，達到設定水位時停止，隨即打開循環閥門，把殺菌鍋內涼水進行循環，使產品溫度均勻下降。如工作時間較長，鍋內涼水降不下溫時，打開溢水閥，把鍋內上部熱水排出，同時其它涼水進入，以達到降溫目的.

殺菌鍋內壓力由壓力變送器隨著鍋內壓力的升降，把信號輸送到壓力控制儀，進行殺菌鍋內壓力自動調整，使殺菌鍋內壓力始終處于在規定的范圍內。超出，可自動停止；下降，可自動加壓保護。使鍋內產品處于同等壓力下進行殺菌。

在殺菌鍋內達到工藝設定的冷卻溫度后，隨即把殺菌鍋內涼水排出，卸掉鍋內壓力，粽子殺菌完畢，操作工人打開連鎖裝置，開啟鍋門取出粽子。